La popolazione di Caracas lo acclamò El Liberador (il Liberatore), appellativo che rimase da allora ad indicare l’ opera di Bolivar. Ma la sua politica non ottenne l’ appoggio della aristocrazia venezuelana la quale aveva ormai archiviato la prospettiva della indipendenza. Alcuni poi lo criticavano perché era a capo di una Giunta militare e non aveva proceduto ad indire libere elezioni. Poi i Laneros coloro che abitavano e possedevano della fattorie nella regione del Los llanos si dichiararono contro il Governo di Bolivar. Questo settore della popolazione era allora composto da combattenti privi di scrupoli, quasi tutti armati e feroci che uccidevano donne, vecchi e bambini. Giungevano sino ad punto di bruciare le case di coloro che consideravano nemici e le stesse fattorie. Il Generale realista Juan Manuel Canjigal riuscì a sfruttare questa situazione di debolezza della Giunta di Bolivar e si attivò per invadere il paese. Riuscì a portare dalla sua parte i Llaneros avvalendosi dell’ opera di José Thomas Boves che sconfisse due volte Bolivar e lo costrinse ad abbandonare Caracas (16 Luglio 1814). Ritiratosi ad oriente per ricongiungersi con Santiago Marino fu sconfitto a Arangua de Barcelona il 17 Agosto 1814.
Sopravvissuto alla battaglia, catturato dai suoi stessi subordinati con Santiago Marino, fu liberato da alcuni ufficiali durante la notte ed aiutato a fuggire. L’ 8 settembre 1814, Bolivar e Marino riuscirono a raggiungere Cartagena nelle Provincie Unite della Nueva Granada, nuovamente in esilio.
Come abbiamo scritto nel 1814 la Spagna riebbe il suo Re Ferdinando VII. Il primo pensiero del Re fu quello di far riconquistare le terre dell’ America latina che si erano rese indipendenti. Simon Bolivar nel frattempo era impegnato per il Governo neogrenadino in una campagna diretta a conquistare il territorio attorno a Bogotà. Città che egli conquistò il 12 Dicembre 1814. il Re spagnolo si avvalse dell’opera di un generale veterano: Pablo Morillo, a cui indicò il compito di conquistare tutto il Venezuela e la Repubblica di Nueva Granada. Arrivato a Caracas scoprì che tutto quello che era allora il territorio del Venezuela era già sotto il dominio del Re di Spagna e per questo si diresse contro la Repubblica neogrenadina. Poiché il Governo della repubblica non voleva più sostenere le imprese di Bolivar, nonostante i successi ottenuti, questo ultimo decise di lasciare il comando e di andare in esilio in Giamaica (8 maggio 1815). Nel Dicembre 1815 Morillo conquistò Cartagena e nel Maggio 1816 conquistò Bogotà ponendo fine alla Repubblica di ”’Nueva Granada”’.